Echter de wormen waar we nu aandacht aan besteden zijn vooral de aarswormen en de maagdarmwormen. Wormen in de konijnen worden betiteld als parasieten. Parasieten zijn levende organismen, die een ander organisme nodig hebben om in te leven en die dat andere organisme, hun gastheer, benadelen. Daarom is het verstandig om de worminfecties te bestrijden.

De mogelijkheid bestaat om een levende voedster te euthenaseren en in de blinde darm inhoud de kleine wormpjes zo groot als rijstkorrels te zien rondkruipen. Ook bestaat de mogelijkheid om de verse mest onder de microscoop te leggen en de larven van de maagdarmwormen zijn duidelijk zichtbaar Deze microscopie kan goed uitgevoerd worden op bedrijven, waar ook KI gedaan wordt en waar dus een microscoop aanwezig is. De larven zijn duidelijk zichtbaar met een vergroting van 50 tot 100 maal. Via ophoping in zout water kunnen de eitjes van de wormen verzameld worden en ook onder de microscoop bekeken worden.

Ontwormen kost geld, maar wormen kosten meer geld. De schade van de wormen bestaat uit verhoging van de voederconversie, de uitval door andere infecties als diarree door E coli, de sterk verminderde dracht bij voedsters. Ontwormen dient te geschieden aan de hand van een vast schema. Omdat alleen de konijnen behandeld worden en niet de omgeving als kooien en mestopslag kan een herinfectie snel optreden. Wormeieren kunnen gemakkelijk vele maanden in de beton overleven. Wanneer in groepen gewerkt wordt dan kunnen de voedsters en de nog net niet gespeende konijnen door het water of voer behandeld worden. Gedurende 6 tot 8 weken komen alle groepen aan bod en zullen de konijnen zonder wormen de speenperiode ingaan. Hierdoor wordt de infectiegraad bij de vleeskonijnen sterk verminderd. Door na het reinigen met water in de afdeling de nog natte kooien af te branden is het mogelijk om zowel de kooien droog te krijgen als de nog aanwezige wormeitjes uit te koken. Alle ontsmettingsmiddelen hebben geen effect op de wormeitjes. Ze zijn alleen te verwijderen door reiniging met veel water. Als preventie dient ook zo vroeg mogelijk de nestkasten uit de kooien verwijderd te worden. Vaak blijven de eitjes goed overleven in de nestkasten en zullen de nieuwe jongen steeds besmet worden.

Dit middel drijft wel de volwassen wormen af, maar de larven blijven intact in het lichaam van de konijnen. Voor een goede werking dient daarmee bijna wekelijks te worden ontwormd. Flubenol kan alleen via het voer gebruikt worden. Dit middel doodt zowel de wormen als de larven, waardoor dit middel het meest efficient is om de konijnen vrij van wormen te krijgen. Feedmix flubenol wordt bij de voerfabriek door het konijnen voer geperst en moet daarna 7 dagen gegeven worden. Een voerfabriek kan alleen charges van minimaal 2 ton voer mengen voor een egale verdeling van het medicijn door het voer.

Levamisole is een geneesmiddel, goed oplosbaar in water en stabiel in zuur water. Levamisole werkt tegen de volwassen en onvolwassen stadia van de aarwormen en de maagdarmwormen. De wormen raken verlamd door het middel en kunnen niet meer leven in de darmwand of darminhoud. De dosering moet nauwkeurig uitgerekend worden, omdat bij hoge doses het middel giftig is en leidt tot speekselen, spiertrillingen, en nervositeit bij de dieren. Panacur kan goed door het drinkwater gegeven worden en werkt tegen de larven en de volwassen wormen Panacur is een suspensie wat betekent, dat het moeilijk in het water oplost.Voor de dosering van alle middelen geldt, dat uitgegaan moet worden van de wateropname van de dieren, die het minst drinken. Dit betekent meestal, dat per afdeling gekeken moet worden.

De rammen of de opfok zijn dan bepalend voor de dosering in het water.